蓖麻LEA基因家族的全基因组鉴定、分类及其进化分析

• 作者: 安锋 邹智 黄启星
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蓖麻 全基因组 LEA基因家族 分类 进化分析
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 637-643
• 页数: 7页
• 分类号: S565.603
• 字数: 4514字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2013.06.004

摘要

基于已公布的基因组和EST数据对蓖麻LEA基因家族进行全面鉴定和系统命名,并在此基础上分析了其基因结构、生化特征、进化关系和表达特性.结果显示,蓖麻基因组中存在27个LEA基因,分属于LEA_1、LEA_2、LEA3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin和SMP 8个亚家族,它们散布于24条scaffold上,含有0～2个内含子不等,且其中有3个基因存在可变剪接;根据编码蛋白中的Pfam结构域类型及其进化关系,将这些基因依次命名为RcLEA1-1和-2、RcLEA2-1和-2、RcLEA3-1至-3、RcLEA4-1至-7、RcLEA5-1和-2、RcLEA6-1和-2、RcLEA7-1至-5和RcLEA8-1至-4;利用BLAT分析基因表达谱显示,在叶片、花、Ⅱ/Ⅲ期胚乳、Ⅴ/Ⅵ期胚乳和种子等组织中,所有RcLEA基因都有表达;启动子分析表明,RcLEA基因的启动子区富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件.