分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用

• 作者: 孟现美 张少龙 张庆刚 王加磊
• 来源期刊: 化学学报
• 关键词: HIV-I蛋白酶 抑制剂 分子动力学模拟 MM-PB/GBSA方法 别构抑制剂
• 年，卷（期）: 2013,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1167-1174
• 语种: 中文
• DOI: 10.6023/A13030327

摘要

为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固；另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孟现美	山东师范大学物理与电子科学学院	14	40	4.0	5.0
2	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
3	张少龙	山东师范大学物理与电子科学学院	29	118	6.0	9.0
4	王加磊	山东师范大学物理与电子科学学院	3	8	2.0	2.0