丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发＊

• 作者: 孙超 宋经元 徐海滨 汪波 谢丽芳 钱俊
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 学科: 医学
• 关键词: 丹参 简单重复序列 引物设计
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 页码范围: 367-370
• 页数: 4页
• 分类号: R282
• 字数: 2225字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.2013.03.006

摘要

丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物，以根与根茎部位入药，广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法，从丹参基因组框架图序列中发掘出4832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明，二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型，分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外，富含A/T碱基的SSR位点，包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA，分别占全部SSR位点总数的30.5%，21.6%，17.1%，20.4%，在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础，共设计基因组SSR引物序列1079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作，为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙超	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	28	393	11.0	19.0
2	宋经元	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	65	1414	26.0	34.0
3	徐海滨	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	5	79	4.0	5.0
4	钱俊	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	3	30	2.0	3.0
5	汪波	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	4	86	3.0	4.0