GPV YZ株非结构蛋白1基因的克隆及序列分析

• 作者: 吕春伟 朱峰伟 朱新产 杨丽金
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 医学
• 关键词: 鹅细小病毒 非结构蛋白基因 非结构蛋白1 序列分析
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 27-37
• 页数: 11页
• 分类号: R512.03|Q78
• 字数: 6575字
• 语种: 中文

摘要

对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的分支。对应GPVNS1-YZ的同源区段序列(293~524)含231个氨基酸,分子量为26.446 kDa、PI=6.04,带负电的氨基酸30个,带正电的氨基酸28个,体外表达半衰期为5.5 h时,不稳定系数为40.23,脂肪系数为78.01,平均疏水值为-0.43,表明这一蛋白质为亲水性蛋白；该蛋白还存在9个抗原肽的位置：55~69,185~195,94~129,156~167,19~30,76~83,6~12,205~210,40~45,出现16个可能的B细胞抗原表位,表明它具有较高的免疫原性；但不存在跨膜片段,也不含信号肽和二硫键,可能不会分泌到宿主细胞的细胞膜外发生作用；其二级结构包含α-螺旋占30.74%,β-折叠占17.32%,无规则卷曲占51.95%,三级结构近似球状,包含一个SF3解旋酶超家族的DNA病毒解旋酶功能域( AA17-AA173),提示鹅细小病毒的非结构蛋白1可能在感染发生后参与病毒DNA自我复制中的DNA解旋过程。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱新产	青岛农业大学生命科学学院山东省高校植物生物技术重点实验室	25	217	5.0	14.0
2	杨丽金	青岛农业大学生命科学学院山东省高校植物生物技术重点实验室	9	4	1.0	2.0
3	吕春伟	青岛农业大学生命科学学院山东省高校植物生物技术重点实验室	2	0	0.0	0.0