利用建兰转录数据开发genic-SSR标记

• 作者: 李小白 金亮 金凤 马广莹
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 建兰 分子标记 基因内部微卫星 功能注释
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 1046-1056
• 页数: 11页
• 字数: 6065字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2014.08.015

摘要

建兰(Cymbidium ensifolium)因基因组信息缺乏导致其分子标记的开发和利用受到一定限制.为了开发可靠、有效的分子标记,本研究对建兰转录组进行了大规模测序,并对此数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)搜索.根据基元、长度和所在位置选取80对genic-SSR进行引物设计;在12个建兰品种中进行扩增验证,结果发现,61对引物成功扩增,其中39对引物有多态性,其多态信息含量(polymorphism information content,PIG)范围为0.141～0.746,平均为0.348;对成功扩增的61个genic-SSR所在的独立基因(unigene)序列进行包括非冗余(non-redundant,NR)数据库、基因本体论(gene ontology,GO)、真核细胞的直系同源组(eukaryotic orthologous groups,KOGs)和代谢途径(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的注释,发现52个genic-SSR所在的unigenes比对上了NR的序列、38个unigenes归入了25个GO词汇、18个归入了9个KOG分类,15对genic-SSR涉及到了14条KEGG途径.以上结果表明,来自于建兰转录组的39对引物不但具有一定的多态性,而且通过注释赋予了其许多基因功能的信息,是图谱构建和基因定位的理想分子标记.由于这些引物具有一定的通用性,还可用于整个兰属遗传多样性和群体结构的分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马广莹	浙江省农业科学院花卉研究开发中心	19	37	4.0	5.0
2	李小白	浙江省农业科学院园艺研究所	17	98	6.0	9.0
3	金凤	湖北大学生命科学学院	2	11	2.0	2.0
4	金亮	浙江省农业科学院花卉研究开发中心	8	69	5.0	8.0