大豆基因组CLC同源基因家族的生物信息学分析

• 作者: 於丙军 曹金花 李伟 王龙超
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 CLC同源基因 CBS结构域 氨基酸残基保守区 通道蛋白 转运蛋白
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 35-43
• 分类号: Q945.78|S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/j.issn.1000-2030.2014.03.005

摘要

利用NCBI网站、Phytozome数据库和有关生物信息学软件,对大豆基因组CLC(chloride channel)同源基因家族进行系统的预测分析和比较.结果表明:大豆CLC同源基因有8～9个拷贝,分别分布于第1、5、9、11、13、16和19号染色体上,内含子数目为4～23;编码的大豆CLC蛋白氨基酸数量为725～823,整体一致性为63.43％,相对分子质量为(80 ～91)×103,理论等电点为6.45 ～8.94,带正或负电荷氨基酸残基比例为7％～10％,均为跨膜蛋白(含9～12个跨膜区),除Glyma16g06190外均含有2个CBS结构域;具有(Ⅰ)GS/PGIPE、(Ⅱ)GKE/AGPLVH和(Ⅲ)PVGGVLFALEE/G 3个氨基酸残基保守区,其中相应关键氨基酸残基位点决定了它们不同的阴离子(Cl-或NO-3)优先选择属性和蛋白功能(通道或转运蛋白)属性.它们都与拟南芥CLC蛋白亚家族Ⅰ关系较近,其中GmCLC1(Glyma05g14760)、GmsCLC1、Glyma16g06190和Glyma19g25680与AtCLCa、AtCLCb处于同一分支,整体显示序列一致性为87.79％;Glyma09g28620和Glyma16g33351与AtCLCc、NtCLC1同源关系较近,序列一致性为70.99％;Glyma13g23080则与AtCLCg在同一分支,序列一致性为74.21％;而Glyma01 g44950和Glyma11 g00690则与AtCLCd同源关系最近,序列一致性为90.68％.qRT-PCR分析结果显示,在150mmol·L-1NaCl处理24 h过程中,GmsCLC1基因在栽培大豆N23674品种、野生大豆BB52种群及其后代4076株系中均上调表达,其中在BB52根中上升最显著.结论:大豆多个CLC同源基因在进化过程中发生的功能分化,可能在正常或盐胁迫条件下植株体内阴离子(包括Cl-、NO-3)稳态重建方面发挥不同作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	於丙军	南京农业大学生命科学学院	33	897	14.0	29.0
2	李伟	南京农业大学生命科学学院	72	557	12.0	20.0
3	曹金花	南京农业大学生命科学学院	2	58	2.0	2.0
4	王龙超	南京农业大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0