基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选

• 作者: 张丽 张旋 谷万港 陈雪琴
• 来源期刊: 昆明医科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: CXCR4 抑制剂 虚拟筛选 PyRx
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 44-47
• 页数: 4页
• 分类号: Q789
• 字数: 2196字
• 语种: 中文

摘要

目的 发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法 以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PvRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果 经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论 应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张丽	昆明医科大学学报编辑部	33	85	5.0	8.0
2	谷万港	遵义医学院基础医学院免疫学教研室	6	4	1.0	1.0
3	陈雪琴	遵义医学院基础医学院免疫学教研室	3	1	1.0	1.0
4	张旋	药学院暨云南省天然药物药理重点实验室	2	2	1.0	1.0