埃博拉病毒包膜糖蛋白的密码子偏爱性分析

• 作者: 孙强明 李多 赵玉娇 邱丽娟 黄新伟
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 埃博拉病毒 包膜糖蛋白 密码子偏爱性
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 31-37
• 页数: 7页
• 分类号: R3
• 字数: 3454字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-548X.2015.03.010

摘要

目的 对从2014年西非埃博拉暴发地区感染者分离的4个埃博拉病毒株基因组包膜糖蛋白编码基因进行密码子偏爱性分析,为埃博拉病毒包膜蛋白基因表达中宿主系统选择和密码子优化提供参考.方法 通过GeneBank搜索近期公布的分离自西非地区的4个埃博拉病毒株全基因组序列,获得编码包膜糖蛋白GP1和GP2的基因序列及蛋白编码序列.采用EM-BOSS在线预测埃博拉病毒包膜糖蛋白的密码子偏爱性,并通过与Codon Usage Database中大肠杆菌、酵母及人的密码子使用频率进行比较,筛选最适埃博拉病毒GP蛋白体外表达的宿主物种,并提供相应密码子优化方案.结果 埃博拉病毒基因组、GP1和GP2的Nc值均在57左右,CAI值均在0.7左右,表明其密码子偏爱性较均一,且基因的表达水平相对较高;编码GP1蛋白F、H、M、N、W等氨基酸和GP2蛋白D、K、N、Q、Y等氨基酸中不同密码子使用频率有较大差异;GP1和GP2蛋白密码子偏爱性有共同之处也存在明显差异.计算σGP/E.coli、σGP/Yeast、σGP/Human的比值,结果显示GP1中＞2.0或＜0.5的数量分别为24、20和19个;GP2中的数量分别为26、30和19,表明埃博拉病毒GP1和GP2蛋白与人的密码子使用频率较为接近.结论 以密码子偏爱性分析作为辅助手段,分析出此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的密码子偏爱性及最适表达物种及密码子优化方案,为体外表达GP1和GP2蛋白,从而研发埃博拉病毒检测试剂、亚单位疫苗及基因工程抗体提供参考.