miRNA-21转录调控因子的生物信息学分析

• 作者: 刘海荣 谢斌辉 黄国红
• 来源期刊: 中山大学学报（医学科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: miRNA-21 转录调控因子 生物信息学分析 结合位点
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 信息研究
• 页码范围: 148-154
• 页数: 7页
• 分类号: Q285.5
• 字数: 3542字
• 语种: 中文

摘要

[目的]探讨miRNA-21转录调控因子AP-1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF-β、BMP-6、GFI1的结构特征及其与miRNA-21转录结合位点.[方法]利用生物信息学工具分析miRNA-21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞定位及预测与miRNA-21转录结合位点.[结果]等电点分析表明STAT3等电点小于7.0,其余7个转录调控因子等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,EBP脂溶指数大于100,为亲水性蛋白,其余7个转录调控因子脂溶指数均小于100,为疏水性蛋白;从不稳定指数分析结果可知,EBP不稳定指数小于40,为稳定蛋白,其余7个转录调控因子不稳定指数大于40,为不稳定蛋白.所有转录调控因子二级结构均由α--螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;EBP有跨膜区,BMP-6有信号肽,其余均无跨膜区或信号肽.亚细胞定位分析发现BMP-6位于细胞质中,EBP则位于质膜上,其余转录调控因子位于细胞核中;所有转录调控因子三级结构呈现发夹型结构,并预测出6个转录调控因子与miRNA-21转录结合位点.[结论]miRNA-21转录调控因子呈现多样性特征,拥有典型的发夹型结构特征,可能有助于对miRNA-21转录表达调控,研究结果将有助于开展研究基于miRNA-21的癌症治疗及其相关治疗药物的筛选.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢斌辉	赣南医学院第一附属医院肝外科	34	52	4.0	5.0
2	刘海荣	赣南医学院第一附属医院介入科	13	31	4.0	4.0