盾叶薯蓣WRKY转录因子的鉴定和生物信息学分析

• 作者: 张苗 张重义 智惊宇 王丰青 王丽娜 谢彩侠
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 盾叶薯蓣 WRKY 生物信息学 转录因子 蛋白序列特征分析
• 年，卷（期）: 2016,（22）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 4062-4071
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2016.22.022

摘要

目的 鉴定盾叶薯蓣WRKY (DzWRKY)转录因子家族基因,分析DzWRKY蛋白的序列特征,检测DzWRKY在根和叶中的表达量.方法 以拟南芥WRKY基因的cDNA为查询序列,应用BLASTn进行比对,应用生物信息学方法进行全长开放阅读框(ORF)预测和蛋白序列特征分析,根据转录组数据检测DzWRKY的表达量.结果 共检测到27个具有全长ORF的DzWRKY家族基因,其中6个基因编码的蛋白具有2个WRKY结构域.DzWRKY蛋白均为亲水性蛋白,亚细胞预测为核蛋白,WRKY结构域序列保守程度高.进化分析均把27个DzWRKY蛋白和19个AtWRKY蛋白分为3个大类群.27个DzWRKY在叶片中的表达量均比根茎低,高表达的DzWRKY基因主要集中在第Ⅰ类和第Ⅱd亚类.盾叶薯蓣WRKY与已知功能的WRKY序列相似性较低.结论 首次从盾叶薯蓣中鉴定出DzWRKY基因,为进一步阐明DzWRKY在盾叶薯蓣生长发育和药效成分代谢中的作用奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢彩侠	河南中医药大学药学院	94	284	9.0	12.0
2	王丽娜	河南中医药大学药学院	32	85	4.0	7.0
3	王丰青	河南农业大学农学院	34	188	8.0	12.0
4	智惊宇	河南农业大学农学院	6	8	2.0	2.0
5	张苗	河南中医药大学药学院	7	20	3.0	4.0