膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究

• 作者: 任伟超 刘振鹏 刘玠 常越 闫嵩 马伟
• 来源期刊: 中国中药杂志
• 关键词: 膜荚黄芪 转录组测序 SSR 位点信息
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 资源与鉴定
• 页码范围: 1430-1434
• 语种: 中文
• DOI: 10.4268/cjcmm20160810

摘要

该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析.结果表明,进行测序所得的reads的平均长度为413 bp,约86％的reads参与了拼接,拼接的N50长度为1 205 bp,所测得的unigene数量基本涵盖了全部转录组信息;黄芪转录组搜索到1 729个SSR位点,SSR的发生频率为9.24％,SSR在黄芪整个转录组中出现的频率为13.42％,SSR的平均距离为7.97 kb.一共发现核心重复序列127种,占优势的是二核苷酸型中的TG/AC型,出现的频率占总SSR位点的4.25％.黄芪转录组的测序结果揭示了黄芪转录组的整体表达特征,并得到大量黄芪转录组unigene序列,并且黄芪转录组SSR位点出现频率高,类型多样,多态性潜能高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马伟	黑龙江中医药大学药学院	111	427	10.0	15.0
2	刘玠	黑龙江中医药大学药学院	28	210	6.0	14.0
3	刘振鹏	黑龙江中医药大学药学院	22	62	5.0	6.0
4	闫嵩	黑龙江中医药大学药学院	15	43	4.0	5.0
5	任伟超	黑龙江中医药大学药学院	29	115	6.0	9.0
6	常越	黑龙江中医药大学药学院	12	41	4.0	6.0