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大豆基因组中OSCA基因家族的进化和表达分析
大豆基因组中OSCA基因家族的进化和表达分析
作者:
刘瑀
孙明哲
孙晓丽
李建伟
杨臖凯
殷奎德
贾博为
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
大豆
OSCA
家族分析
表达分析
摘要:
OSCA是钙通透性阳离子通道蛋白,在高渗胁迫感应中发挥重要的作用.本研究利用生物信息,筛选并鉴定出21个大豆OSCA家族成员.通过染色体定位及同源性分析表明,OSCA家族成员分布在15条染色体上,且存在大量的复制现象;通过Ka/Ks分析表明大豆OSCA家族基因的进化经受纯化选择压力.通过构建系统进化树,将大豆OSCA家族分为2个亚家族,第一亚家族又分为三组(GroupⅠ~Ⅲ),且各组内成员具有相似的内含子-外显子组成模式.保守性分析结果表明,大豆OSCA基因家族很保守,都包含3个功能结构域(即Late exocyto-sis,Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter和Calcium-dependent channel);进一步组织表达分析结果表明,OSCA基因家族在不同组织的表达量不同.盐碱胁迫表达模式分析表明,OSCA3.1上调表达变化倍数最大.进一步的启动子分析结果表明,这些盐碱胁迫应答的基因启动子中存在着多种不同的胁迫响应元件,其中干旱和ABA应答相关的元件较多.以上结果为OSCA基因家族提供了新的有价值的信息,并为后续研究提供了重要参考.
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文献信息
篇名
大豆基因组中OSCA基因家族的进化和表达分析
来源期刊
中国油料作物学报
学科
农学
关键词
大豆
OSCA
家族分析
表达分析
年,卷(期)
2017,(5)
所属期刊栏目
遗传育种
研究方向
页码范围
589-599
页数
11页
分类号
S565.1
字数
7303字
语种
中文
DOI
10.7505/j.issn.1007-9084.2017.05.002
五维指标
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主办单位:
中国农业科学院油料作物研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
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CN:
42-1429/S
开本:
大16开
出版地:
湖北武昌徐东二路2号油料所内
邮发代号:
38-13
创刊时间:
1979
语种:
chi
出版文献量(篇)
2474
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学科类型:
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