基于Illumina测序技术的枸杞微卫星引物的开发

• 作者: 刘宝龙 宗渊 朱雪冰 李建民 赵鑫 魏乐
• 来源期刊: 青海师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组分析 红果枸杞 黑果枸杞 微卫星位点
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 61-66
• 页数: 6页
• 分类号: Q933
• 字数: 3354字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7542.2017.03.013

摘要

目的 :分离和鉴定红、黑枸杞基因组中的简单重复序列(SSR)位点.方法 :Illumina Hiseq 2000进行红、黑枸杞的高通量转录组测序后,生物信息分析SSR的分布频率和重复基元的类型特征,PCR扩增和聚丙烯酰胺电泳验证SSR位点及引物.结果表明:转录组测序共得到了192,869条reads,总长度205,220,696bp.拼接后序列的数量为35,572条,序列平均长度约为1064bp.从中共预测到44,828个SSR位点,其中单、二、三、四、五、六个碱基重复单元的微卫星位点数分别有25,800、9186、8479、363、464和536个.从中随机选择30个位点,设计引物进行验证.23对引物在红黑枸杞中能扩增出产物,其中5对仅一个材料中有扩增产物,另有5个位点扩增产物能明显区分红黑枸杞.结论 :利用Illumina测序技术得到的枸杞转录组中SSR位点出现频率高 ,类型丰富 ,对今后枸杞遗传多样性的研究以及种质资源鉴定打下了良好的理论基础 .

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	魏乐	青海师范大学生地学院	16	45	4.0	6.0
2	李建民	青海师范大学生地学院	41	303	10.0	15.0
3	宗渊		3	4	2.0	2.0
4	刘宝龙		5	6	2.0	2.0
5	赵鑫	青海师范大学生地学院	3	4	2.0	2.0
6	朱雪冰	青海师范大学生地学院	4	4	2.0	2.0