基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物

• 作者: 姜小龙 宁馨 徐刚标 邓敏
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 岭南青冈 简化基因组测序 微卫星分子标记开发 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 629-634
• 页数: 6页
• 分类号: S792.16
• 字数: 4057字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2020.04.018

摘要

微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛.随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化.岭南青冈(Quercus championii Benth)是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种,对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护.本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发.使用pyRAD软件分析显示:①每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46000 ～84000条;②个体内聚类后得到的位点数在5 500～24 000;③个体间聚类后获得1 158个一致性位点.在1 158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点.使用Primer Premier 5.0设计了25对引物,在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证,结果表明17对引物能成功扩增,共获得106个等位位点,每个引物的等位基因数在2 ～12,平均为6.2.引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19～0.88和0.11 ～0.76.本研究的引物开发方法具有速度快、效率高、成本低的特点,可应用于群体遗传学分子标记的开发.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐刚标	中南林业科技大学林木遗传育种实验室	75	755	14.0	24.0