鹅等级前卵泡组织转录组测序分析

• 作者: 孙永峰 李书哲 杨威 武惠岩 王子遒 路洪涛 隋玉健
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 鹅 等级前卵泡 转录组测序 差异表达基因 功能分类
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 63-70
• 页数: 8页
• 分类号: S835.2
• 字数: 5870字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.2017-06-063

摘要

为研究鹅等级前卵泡组织的转录组差异,丰富鹅卵泡转录组数据信息,实验选用3只经产处于高峰期的籽鹅等级前卵泡,通过Illumina HiSeq 2500测序平台进行测序,并进行序列分析和注释.经测序质检后共得到224 929214条序列,31 722 729 162 bp碱基,且质量大于20的碱基比例高于95％,从头拼装后得到114 486条Unigenes序列和145 020条Transcripts序列,通过比对分析共有42 453条序列注释到NR数据库,并进行物种同源性比对,发现绿头鸭与其同源性最高,通过GO数据库比对,发现共有1 045条Unigenes注释到GO数据上,主要涉及生物过程、分子功能和细胞组分.结果表明,共有11 949条Unigenes比对到KEGG数据库,共涉及到341条通路,其中癌症通路、PI3K-AKT信号通路和MAPK信号通路显著富集.为验证基因表达差异,以FPKM值作为基因的表达量,FDR＜ 0.05,| logFC |≥1为标准筛选差异基因,其中以SY等级卵泡为参考,在PE等级卵泡组织间中得到15 516条差异基因,其中上调基因8 293条,下调基因7 223条.并对筛选得到的所有差异基因进行GO和KEGG比对.本实验条件下,测得各等级卵泡之间基因表达差异较大,且癌症通路、PI3K-AKT信号通路和MAPK信号通路较为活跃,可间接证明这3条通路对鹅等级卵泡发育影响较大,这对进一步分析鹅等级前卵泡发育机制提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙永峰	吉林农业大学动物科学技术学院	66	226	8.0	12.0
2	隋玉健	吉林农业大学动物科学技术学院	45	94	5.0	7.0
3	杨威	吉林农业大学动物科学技术学院	4	9	3.0	3.0
4	武惠岩	吉林农业大学动物科学技术学院	7	17	3.0	3.0
5	王子遒	吉林农业大学动物科学技术学院	7	10	3.0	3.0
6	路洪涛	吉林农业大学动物科学技术学院	6	8	2.0	2.0
7	李书哲	吉林农业大学动物科学技术学院	4	6	2.0	2.0