一串红全基因组调研及SSR特征分析

• 作者: 刘克锋 孔维一 王硕 王红利 葛秀秀 陈洪伟
• 来源期刊: 北京农学院学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因组大小 一串红 杂合度 GC含量 SSR
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 15-22
• 页数: 8页
• 分类号: Q789
• 字数: 5946字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13473/j.cnki.issn.1002-3186.2018.0203

摘要

[目的]为了制定更好的一串红全基因组denovo测序策略及筛选SSR标记.[方法]利用Illumina测序平台对一串红基因组大小进行测定,通过生物信息学分析对一串红基因组的重复序列、杂合度等基本信息进行了预估,并进行了初步组装,在此基础上对一串红全基因组进行了SSR查找.[结果](1)一串红全基因组大小预估为841Mbp;(2)一串红基因组杂合度较低,有一定的重复序列;(3)共获得95 982个重复单元长度为1～6碱基及复合型的SSR重复序列,其中单碱基重复的SSR单元最为丰富,共39 903个,占41.6％;其次是二碱基重复类型(24 820个)和复合型(13 281个),所占比例分别为25.9％和13.8％.[结论]为一串红全基因组denovo测序和SSR标记的筛选提供了依据,对于一串红后续的分子水平上的研究及遗传多样性、遗传图谱构建、品种鉴定等提供了应用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王红利	北京农学院园林学院	53	520	14.0	19.0
2	刘克锋	北京农学院城乡发展学院	99	999	16.0	27.0
3	陈洪伟	北京农学院城乡发展学院	31	175	8.0	11.0
4	葛秀秀	北京农学院生物科学与工程学院	16	90	7.0	9.0
8	王硕	北京农学院生物科学与工程学院	2	4	1.0	2.0
9	孔维一	北京农学院植物科学技术学院	2	2	1.0	1.0