基于基因组重测序的高含量油酸转基因大豆T-DNA旁侧序列分析及事件特异性PCR检测

• 作者: 仲晓芳 杨向东 杨静 牛陆 贺红利 邢国杰
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 高油酸转基因大豆 基因组重测序 旁侧序列 事件特异性PCR 灵敏度
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 2017-2026
• 页数: 10页
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.12.002

摘要

基于外源T-DNA与植物基因组的连接区域的特异性建立的特异性检测方法,具有非常高的特异性和准确性,是实现对该转基因事件及其衍生品种的有效监督管理、保障转基因产业健康发展的重要技术手段.本研究前期利用反义RNA和RNAi技术,获得2个油酸含量达78％以上的高油酸转基因大豆(Glycine max)事件.由于T-DNA携带大豆内源基因,旁侧序列不易分析,且为进一步推进上述转化事件的安全评价及应用,本研究基于基因组重测序技术并结合PCR,分析上述2个转基因大豆事件外源T-DNA整合位点旁侧序列.Southern杂交结果显示,2个高油酸转基因大豆事件E2D9050和EB8072外源T-DNA插入拷贝数分别为1个和2个.采用BWA-Burrows-Wheeler Alignment tool (http://bio-bwa.source forge.net/)方法,将基因组重测序分析获得的转基因事件序列信息与参考大豆基因组进行对比.结果表明,转基因大豆事件E2D9050整合位点为Chr04号染色体的51410941位点,整合方式为反向单拷贝插入;EB8072整合位点为大豆基因组Chr19染色体38147218位点,整合方式为单位点双拷贝反向插入,两个拷贝的右边界相接.结合PCR扩增,分别获得E2D9050和EB8072转基因事件整合位点的左、右边界旁侧序列.依据其序列特征,建立了转基因大豆事件两个转化体特异性检测方法,检测灵敏度为0.1％,为上述2个高油酸转基因大豆事件及其衍生产品特异性检测提供依据.