基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证

• 作者: 任鹏 刘颖 张敏 张鹏 王铁杆 胡程睿 钟晨辉
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 铜藻 转录组 微卫星标记
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 542-549
• 页数: 8页
• 分类号: S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.12024/jsou.20180602354

摘要

根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点.二碱基重复出现的次数最多,占32.82％,其次是三碱基重复,占25.21％;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18％;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79％;重复次数主要集中在5～10次,占74.14％.随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记.对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(Ho)为0.318,平均期望杂合度(He)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05).开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑.