木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析

• 作者: 李建宏 李敏权 李潇 李雪萍 漆永红 郭成
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 木贼镰孢菌 全基因组 非编码RNA 重复序列 比较基因组学
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 474-487
• 页数: 14页
• 分类号: S432.44
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000449

摘要

木贼镰孢菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样.本研究基于Illumina Hiseq 4000和PacBio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定及组装,共组装出16个基因组片段,GC含量48.01％,总长40 776 005个碱基,Gap数为0.对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA、重复序列等基因组信息均进行分类统计,外显子40 110个,总长19787 286 bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500～1 499 bp,tRNA 333个,rRNA 71个,sRNA 69个,snRNA 31个,miRNA 108个,共预测的重复序列1 713 918bp,占基因组4.2033％.比较基因组学分析发现木贼镰孢菌组装结果较好,特有基因3 483个和共有基因1 805个,并对共有基因进行了COG分类注释.基因家族分析发现2 500多个单拷贝同源基因.构建进化树发现木贼镰孢菌和假禾谷镰孢菌的遗传距离最近,在全基因组水平上确定了其进化地位.本研究为基因表达的调控机制、基因功能演化分析、病害防控等研究提供基础的数据.