基于转录组的曼氏无针乌贼SSR与SNP位点信息分析

• 作者: 刘硕博 唐祖蓉 孙扬 祁鹏志 郭宝英 陈宇
• 来源期刊: 浙江海洋学院学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 曼氏无针乌贼 转录组测序 SSR SNP
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 页码范围: 100-106
• 页数: 7页
• 分类号: Q789|S931
• 字数: 4535字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-830X.2019.02.002

摘要

利用IlluminaHiseq平台对曼氏无针乌贼进行了转录组测序,采用生物信息学方法分析了转录组序列中的SSR、SNP位点信息并设计了SSR引物.利用MISA工具筛选了转录组测序获得的127575条Unigene序列,共得到分布于50626条序列中的SSR位点108685个,SSR发生率39.68％,出现频率为85.19％.平均每949 bp含有1个SSR位点.在50626条含有SSR位点的Unigene序列中,有25548条Unigene包含SSR位点数目在2个及以上.其中单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(42.84％),其次是二碱基重复(28.73％),三碱基重复(14.93％)和四碱基重复(12.79％).在所有微卫星序列所包含的重复单元中,优势重复基元类型为A/T(占总SSRs的42.23％),其次为AT/AT(13.33％),AC/GT(9.32％),AAAG/CTTT(10.00％).运用Primer premier 5软件共设计了46520对SSR引物.在12323条Unigene中发掘出SNP位点64732个,每条Unigene平均含5.25个SNP位点.其中转换(Transition)45975个(71.02％),颠换(Transversion)18757个(28.98％).本研究通过第二代高通量测序技术,结合生物信息学方法对曼氏无针乌贼进行了SSR位点与SNP位点的开发,为其遗传多样性分析、分子辅助育种和增殖放流效果评估等提供了有力研究工具.