苹果LIM基因家族生物信息学及表达分析

• 作者: 丛佩华 卞书迅 张利义 张彩霞 田义 袁高鹏 韩晓蕾
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 苹果 全基因组 LIM家族 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（23）
• 所属期刊栏目: 专题:苹果分子生物学
• 页码范围: 4322-4332
• 页数: 11页
• 字数: 6051字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2019.23.013

摘要

[目的]在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础.[方法]利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号.苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA 7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性.[结果]共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01.亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布.启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件.蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域.根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组.染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀.花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异.[结论]苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性.