韩国赤芝全基因组重测序分析

• 作者: 兰进 徐晓兰 朱风丽 石林春 缪晓青 陈体强
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 学科: 医学
• 关键词: 菌丝生长 全基因组重测序 单核苷酸多肽性(SNP) 小片段插入缺失(InDel) 结构变异(SV) 转录因子 细胞色素P450
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 专题讨论二:中药材无公害产业发展关键技术
• 页码范围: 764-774
• 页数: 11页
• 分类号: R917
• 字数: 6547字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.2019.04.032

摘要

目的:探索韩国赤芝与中国赤芝CGMCC5.0026间在基因组水平上存在的差异,为赤芝的遗传育种提供研究基础.方法:采用高通量重测序技术,对韩国赤芝进行全基因组重测序,并对单核苷酸多态位点突变(SNP)、小片段插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)进行检测和注释.对DNA水平变异基因进行KEGG、GO、COG、NR、SwissProt数据库注释.结果:韩国赤芝重测序覆盖深度为44×,与中国赤芝CGMCC5.0026相比,共发现10607个基因发生非同义SNP,4774个InDel和1428个SV,共导致9469个基因发生变异.这些变异基因中有转录因子86个,细胞色素P450195个.结论:本研究通过对中国赤芝和韩国赤芝基因组序列进行比较,为赤芝的分子标记育种和对完善灵芝模式真菌研究体系提供了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈体强	福建省农业科学院食用菌研究所	63	708	15.0	22.0
2	兰进	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	21	447	10.0	21.0
3	缪晓青	福建农林大学蜂学学院	92	336	10.0	13.0
4	石林春	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	19	279	11.0	16.0
5	徐晓兰	福建农林大学蜂学学院	6	27	2.0	5.0
6	朱风丽	福建农林大学食品科学学院	1	1	1.0	1.0