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菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
作者:
付苏宏
张勇群
施静
郝豆豆
雷鸣
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
法尼基焦磷酸合酶
转录组
菊叶香藜
基因挖掘
生物信息学
摘要:
为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析.结果表明:DsFPPS1和DsFPPS2基因分别包含1029 bp和969 bp的开放阅读框,分别编码342个(DsFPPS1)和322个(DsFPPS2)氨基酸.DsFPPS1和DsFPPS2位于线粒体内,未发现信号肽和跨膜结构,DsFPPS1为稳定蛋白,DsFPPS2为不稳定蛋白.氨基酸序列比对发现DsFPPS1和DsFPPS2序列相似性为60.53%,均含有5个保守结构域和2个天冬氨酸富集区域.DsFPPS1和DsFPPS2二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构为由8个α-螺旋形成的α-螺旋束,但DsFPPS2的三级结构中缺少一个α-螺旋A.系统进化树中DsFPPS1与藜科植物聚为一枝,与藜科植物遗传距离较近,而DsFPPS2单独聚为一枝.通过对菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析,为菊叶香藜FPPS的功能研究及其倍半萜类化合物的生物合成研究奠定了一定的理论基础.
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文献信息
篇名
菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
来源期刊
广西植物
学科
生物学
关键词
法尼基焦磷酸合酶
转录组
菊叶香藜
基因挖掘
生物信息学
年,卷(期)
2019,(6)
所属期刊栏目
植物系统与进化
研究方向
页码范围
831-842
页数
12页
分类号
Q943.2
字数
4910字
语种
中文
DOI
10.11931/guihaia.gxzw201804001
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
雷鸣
西藏大学理学院
16
27
3.0
4.0
2
张勇群
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
17
14
2.0
3.0
3
付苏宏
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
5
1
1.0
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4
施静
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
8
1
1.0
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5
郝豆豆
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
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传播情况
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研究主题发展历程
节点文献
法尼基焦磷酸合酶
转录组
菊叶香藜
基因挖掘
生物信息学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
广西植物
主办单位:
广西壮族自治区广西植物研究所
中国科学院广西植物研究所
广西植物学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-3142
CN:
45-1134/Q
开本:
大16开
出版地:
广西桂林市雁山镇85号广西植物研究所《广西植物》编辑部
邮发代号:
48-43
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
3580
总下载数(次)
1
总被引数(次)
42592
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