广东省一株新型肠道病毒EV-B83型的全基因组序列进化分析及重组分析

• 作者: 彭金菊 方苓 曾汉日 李彩霞 李晖 林惠芳 郑焕英 陆靖
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒B组83型(EV-B83) 高通量测序 病毒基因进化分析 重组分析
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 421-430
• 页数: 10页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003666

摘要

本研究对2001年广东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的一株肠道病毒AFP341_GD-CHN_2001株进行了高通量测序后,获取该全基因组序列,经鉴定该毒株为EV-B83.为了解该广东省首株EV-B83分离株的全基因组特征及其重组特点,本研究对AFP341_GD-CHN_2001毒株通过最大似然法构建系统进化树,利用bootscanning分析该毒株与其它型别肠道病毒的重组位点,最后根据该重组位点分区段构建系统进化树,进一步验证重组分析结果.全长VP1序列构建的分子进化树表明,AFP341_GD-CHN_2001毒株与EV-B83原型株及柬埔寨SEP025_KH_2012分离株形成一簇;初步构建P1、P2、P3编码区序列系统进化树,提示该分离株在其分子进化中可能存在基因重组,而bootscanning分析表明非结构蛋白编码区是其发生基因重组的区域.根据bootscanning分析的断裂点对该毒株的全基因组序列分成3段构建系统进化树,该系统进化分析结果进一步明确该分离株于2B、2C、3D非结构编码区存在型间重组,与AFP341_GD-CHN_2001发生重组的毒株为CV-A9分离株NSW-V20_AU_2008、CV-B2分离株NSW-V53_ AU_ 2010以及CV-B3分离株SSM_JL-CHN_2006.当前GenBank数据库中仅有来自美国以及中国云南的两株EV-B83全基因组序列,缺乏对该基因型的分子进化特征描述,本研究中的AFP341_GD-CHN_2001毒株为广东省首株EV-B83分离株,扩展了EV-B83数据信息,为今后EV-B83的研究提供了基础性资料.