人埃博拉病毒密码子偏爱性与聚类分析

• 作者: 刘奇 田明明 魏雪玲
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 埃博拉病毒(EBOV) 密码子偏爱性 自然选择 突变
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 246-254
• 页数: 9页
• 分类号: R373.9|R512.8
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003654

摘要

埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)宿主广泛,其遗传进化关系复杂,影响埃博拉病毒密码子偏爱性的因素众多.为了明确人埃博拉病毒密码子使用的偏爱性,揭示影响其偏爱性的影响因素和不同宿主来源的埃博拉病毒间的遗传进化关系.本研究通过计算有效密码子数(Effective number of codons,ENC),同义密码子相对使用频率(Relative synonymous codon usage,RSCU)和其他指标,对人埃博拉病毒的密码子使用模式进行综合分析.结果 显示,人埃博拉病毒各蛋白的ENC均值分布于55.66～55.77,RSCU＞1的密码子中77％以上都是以A/U结尾.中性绘图分析和PR2绘图分析等相关分析表明,自然选择是影响密码子使用模式的主要因素,突变压力的影响相对较小.聚类分析结果表明,猪和人来源的埃博拉病毒亲缘关系最近,提示猪来源的埃博拉病毒感染人的风险最大.新发现的bombali型埃博拉病毒与人的亲缘关系距离较远,在大多数蛋白中均单独聚类.本研究结果对深入了解人埃博拉病毒的遗传进化关系,进而研究埃博拉疫苗和制备抗体具有重大意义.