基于生物信息学分析胃癌与癌旁组织中差异基因的表达及验证

• 作者: 张蓉 普彦淞 段宝军 王晓霏 白俊 路凯 靳荣辉 高艺
• 来源期刊: 肿瘤预防与治疗
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 生物信息学 COL1A1 COMP THBS2
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 843-849
• 页数: 7页
• 分类号: R735.2|R319
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0904.2020.10.005

摘要

目的:分析胃癌(gastric cancer,GC)与癌旁组织间的差异表达基因,寻找与GC的发生、发展及预后相关的关键基因.方法:基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)筛选GC与癌旁组织间显著差异表达的基因,利用京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)行通路富集分析.在癌症基因组图谱数据库(the cancer genome altlas,TCGA)中分析差异基因在GC中的表达及其与GC分期和预后的关系.最后在GC临床样本中验证.结果:在GEO中共筛选出1353个差异表达基因.对GC中显著高表达的31个基因进行KEGG分析发现,其主要参与细胞外基质受体相互作用和蛋白消化与吸收.TCGA中分析显示此通路中的3个基因(COL1A1、COMP及THBS2)在GC中显著高表达,其中COL1A1高表达与GC的分期、预后不良显著相关.免疫组化结果证实COL1A1在GC中显著高表达,其表达与GC患者的预后相关.结论:COL1A1在GC中显著高表达,其与GC的发生发展及预后有重要关系.