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人肝细胞癌中HNF4α近端启动子区生物信息学分析
人肝细胞癌中HNF4α近端启动子区生物信息学分析
作者:
张玲玲
曹辉
许钟
陈燕平
鲁亮
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
HNF4α
启动子
转录因子
生物信息学
肝细胞癌
摘要:
目的 应用生物信息学数据库挖掘数据,预测分析肝细胞癌发生发展过程中抑癌基因肝核转录因子4α(HNF4α)表达下调的转录调控机制.方法 从美国国家生物技术信息中心在线核苷酸数据库获得HNF4α基因的启动子序列;应用PromotorScan、Patch、P-Match、AliBaba2等在线转录因子预测软件分析HNF4α转录因子结合位点;应用在线肝脏基因数据库liveratlas筛查肝癌组织中表达下调的基因,与预测的转录因子进行对比.通过TCGA数据库提取相关转录因子与HNF4α的肝癌组织芯片表达结果,进行相关性分析.结果 人HNF4α基因在肝癌中对应转录本的启动子约1471 bp.应用PromotorScan、Patch、P-Match和AliBaba2等在线软件分析,预测转录因子结合位点结果汇总后去除重复,共涵盖225个转录因子.应用在线基因数据库liveratlas检索,提取肝细胞癌中表达下调的基因共2 538个,与上述预测的225个转录因子进行对比,取交集获得目标转录因子共17个.相关性分析提示HLF(r =0.553 4)、RREB1(r=0.407 9)、RXRA(r=0.424 7)等转录因子与HNF4α的表达成正相关.结论 生物信息学分析提示HLF、RREB1、RXRA等转录因子参与HNF4α在肝脏中表达的转录调控,其中一个或多个蛋白的低表达与肝细胞癌发生发展中抑癌基因HNF4α的表达下调有关.
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文献信息
篇名
人肝细胞癌中HNF4α近端启动子区生物信息学分析
来源期刊
安徽医科大学学报
学科
医学
关键词
HNF4α
启动子
转录因子
生物信息学
肝细胞癌
年,卷(期)
2020,(1)
所属期刊栏目
基础医学研究
研究方向
页码范围
80-83
页数
4页
分类号
R735.7
字数
2750字
语种
中文
DOI
10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.01.017
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
张玲玲
贵州省人民医院消化内科
16
59
5.0
7.0
2
陈燕平
贵州省人民医院肿瘤科
23
99
6.0
9.0
3
鲁亮
贵州省人民医院肿瘤科
25
59
4.0
7.0
4
曹辉
贵州省人民医院肿瘤科
12
48
4.0
6.0
5
许钟
贵州省人民医院消化内科
10
41
3.0
6.0
传播情况
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转录因子
生物信息学
肝细胞癌
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研究来源
研究分支
研究去脉
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期刊影响力
安徽医科大学学报
主办单位:
安徽医科大学
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-1492
CN:
34-1065/R
开本:
大16开
出版地:
合肥市梅山路安徽医科大学校内
邮发代号:
26-36
创刊时间:
1955
语种:
chi
出版文献量(篇)
7450
总下载数(次)
15
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
贵州省科学技术基金
英文译名:
Natural Science Foundation of Guangxi Province
官方网址:
项目类型:
重点项目
学科类型:
期刊文献
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