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摘要:
目的 应用生物信息学数据库挖掘数据,预测分析肝细胞癌发生发展过程中抑癌基因肝核转录因子4α(HNF4α)表达下调的转录调控机制.方法 从美国国家生物技术信息中心在线核苷酸数据库获得HNF4α基因的启动子序列;应用PromotorScan、Patch、P-Match、AliBaba2等在线转录因子预测软件分析HNF4α转录因子结合位点;应用在线肝脏基因数据库liveratlas筛查肝癌组织中表达下调的基因,与预测的转录因子进行对比.通过TCGA数据库提取相关转录因子与HNF4α的肝癌组织芯片表达结果,进行相关性分析.结果 人HNF4α基因在肝癌中对应转录本的启动子约1471 bp.应用PromotorScan、Patch、P-Match和AliBaba2等在线软件分析,预测转录因子结合位点结果汇总后去除重复,共涵盖225个转录因子.应用在线基因数据库liveratlas检索,提取肝细胞癌中表达下调的基因共2 538个,与上述预测的225个转录因子进行对比,取交集获得目标转录因子共17个.相关性分析提示HLF(r =0.553 4)、RREB1(r=0.407 9)、RXRA(r=0.424 7)等转录因子与HNF4α的表达成正相关.结论 生物信息学分析提示HLF、RREB1、RXRA等转录因子参与HNF4α在肝脏中表达的转录调控,其中一个或多个蛋白的低表达与肝细胞癌发生发展中抑癌基因HNF4α的表达下调有关.
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文献信息
篇名 人肝细胞癌中HNF4α近端启动子区生物信息学分析
来源期刊 安徽医科大学学报 学科 医学
关键词 HNF4α 启动子 转录因子 生物信息学 肝细胞癌
年,卷(期) 2020,(1) 所属期刊栏目 基础医学研究
研究方向 页码范围 80-83
页数 4页 分类号 R735.7
字数 2750字 语种 中文
DOI 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.01.017
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 张玲玲 贵州省人民医院消化内科 16 59 5.0 7.0
2 陈燕平 贵州省人民医院肿瘤科 23 99 6.0 9.0
3 鲁亮 贵州省人民医院肿瘤科 25 59 4.0 7.0
4 曹辉 贵州省人民医院肿瘤科 12 48 4.0 6.0
5 许钟 贵州省人民医院消化内科 10 41 3.0 6.0
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研究主题发展历程
节点文献
HNF4α
启动子
转录因子
生物信息学
肝细胞癌
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
安徽医科大学学报
月刊
1000-1492
34-1065/R
大16开
合肥市梅山路安徽医科大学校内
26-36
1955
chi
出版文献量(篇)
7450
总下载数(次)
15
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
贵州省科学技术基金
英文译名:Natural Science Foundation of Guangxi Province
官方网址:
项目类型:重点项目
学科类型:
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