常绿木质藤本植物黑老虎基因组SSR特征分析及引物开发

• 作者: 邹建文 罗先权 饶红欣 李小飞 颜立红 何润华 陈灵
• 来源期刊: 中南林业科技大学学报
• 关键词: 黑老虎 SSR标记 种间通用性 高通量测序 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 130-138
• 页数: 9页
• 分类号: S718.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.14067/j.cnki.1673-923x.2021.04.015

摘要

[目的]开发黑老虎SSR标记,为其群体遗传学研究以及种质资源收集、保存、评价以及良种选育提供依据.[方法]基于高通量测序获取候选SSR位点,设计引物进行PCR扩增及其产物多态性检测;以湖南会同、城步和桂东3个天然群体66个黑老虎植株为供试材料,选取多态位点开展遗传多样性分析,并应用5个近缘种25个植株探讨SSR标记的通用性.[结果]通过高通量测序检索到152207个候选SSR位点,以二核苷酸重复比例(57.69％)最大,其次为单核苷酸(17.30％)和四核苷酸重复(10.68％);单、二、三、四、五和六核苷酸重复单元分别以A/T(98.06％)、AC/GT(57.30％)、AAG/CTT(41.91％)、AAAT/ATTT(29.55％)、AAAAT/ATTTT(29.18％)和ACACAT/ATGTGT(40.31％)最为普遍.从160对SSR引物中筛选出28对,能成功进行PCR扩增且获得多态位点;3个天然群体的遗传多样性分析结果表明,28个位点共有168个等位基因,每位点等位基因数为2～14,实际杂合度和期望杂合度分别为0.000～0.900和0.000～0.860;会同、城步和桂东群体分别有9、13和7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),未发现位点间连锁不平衡现象(P≥0.05).28个位点中,有24和14个可应用于南五味子和异形南五味子,而对于翼梗五味子、华中五味子和狭叶五味子,则通用性偏低,仅6～9个位点得以成功扩增.[结论]开发出的28个SSR标记,可应用于黑老虎及其近缘种的遗传多样性分析、种质资源评价、种质鉴定以及分子标记辅助育种等.