生物信息学分析长链非编码RNA在变应性鼻炎中的作用

• 作者: 王益玲 王留珍 冯海燕
• 来源期刊: 中国耳鼻咽喉颅底外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 变应性鼻炎 长链非编码RNA 竞争性内源RNA GEO数据库 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 变应性鼻炎专栏|ALLERGIC RHINITIS COLUMN
• 页码范围: 51-57
• 页数: 7页
• 分类号: R765.21
• 语种: 中文
• DOI: 10.11798/j.issn.1007-1520.202221448

摘要

目的 识别变应性鼻炎(AR)疾病进展的差异表达基因,探索其竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控机制,并筛选潜在的治疗靶点.方法 检索GEO数据库,下载AR的微阵列芯片GSE46171.借助R语言等软件分析得到差异的长链非编码RNA (lncRNA)与信使RNA(mRNA),并通过公共数据库预测与差异lncRNA互作的微小RNA (miRNA)及其调控的mRNA,再与差异mRNA取交集,整合得到lncRNA-miRNA-mRNA关系,构建ceRNA网络.随后采用STRING数据库和cytoscape软件筛选关键基因,利用DAVID数据库分析关键基因的基因功能与相关通路,挖掘关键ceRNA网络.结果 ①与正常鼻黏膜组织对比,AR患者鼻黏膜组织35个lncRNA和2071个mRNA存在差异表达;②筛选出CREB1、PPARG、ETS1、IRF4、JAK2共5个关键基因;③关键基因所富集的功能包括髓细胞分化、DNA结合的正调控等生物学过程,涉及Longevity、AMPK、IL-17等信号通路;④6种miRNA(miR-27a-3p、miR-125a-5p、miR-135a-5p、miR-125b-5p、miR-17-5p、miR-20b-5p)可能在导致AR发生发展过程中发挥关键作用.结论 通过对AR相关lncRNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据.