基于生物信息学分析构建转录因子E2F1调控微RNA及其靶向基因网络

• 作者: 朱文韬 曲浩宁 何群
• 来源期刊: 中国医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 泛基因组 E2F1 miRNA mRNA 调控网络
• 年，卷（期）: 2022,（3）
• 所属期刊栏目: 论著|Original article
• 页码范围: 231-237
• 页数: 7页
• 分类号: R730
• 语种: 中文
• DOI: 10.12007/j.issn.0258-4646.2022.03.008

摘要

目的 运用生物信息学方法分析构建E2F1对微RNA(miRNA)的转录调控进而影响下游靶基因mRNA的转录因子网络,从而探讨E2F1通过miRNA参与肿瘤发生发展的机制.方法 基于TCGA数据库筛选存在E2F1上调表达的肿瘤组,检索存在E2F1差异表达的20种肿瘤组织中差异表达的miRNAs.分析差异表达miRNAs的靶基因,并与差异表达mRNAs取交集以构建E2F1-miRNA-mRNA调控网络,对靶基因进行富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质相互作用网络,讨论E2F1调控miRNA及其靶基因,进而影响肿瘤发生发展的生物机制.结果 通过生物信息学方法分析构建的TF-miRNA-mRNA调控网络,展现了miR-7,miR-9,miR-17,miR-21,miR-22,miR-24并调节micoRNA in cancer信号通路.结论 E2F1转录因子在多种癌症中起促癌作用,本研究为泛基因组癌症的早诊与设计治疗药物提供了潜在的靶点.