鸡let-7b在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测

• 作者: 黄正洋 王钱保 黄华云 李春苗 穆春宇 黎寿丰 赵振华
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: let-7b 靶基因 生物信息学 表达分析 鸡
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医·水产养殖|ANIMAL HUSBANDRY AND VETERINARY SCIENCES·AQUICULTURE
• 页码范围: 429-437
• 页数: 9页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2022.02.017

摘要

为探究let-7b在鸡不同生长时期和不同组织中的表达规律及生物信息学特点,以苏禽3号肉鸡为试验材料,检测鸡let-7b在不同时期和不同组织中的表达变化,通过生物信息学工具对常见脊椎动物的let-7b序列特点及基因组定位进行分析,构建系统进化树,并对靶基因进行预测.结果表明,在鸡大脑、心、胸肌和腿肌中,let-7b的相对表达量较高,且90日龄相对表达量显著高于3日龄.let-7b位于1号染色体基因间隔区,不同物种let-7b的成熟序列同源性较高,进化树分析结果表明,鸡let-7b与鸟类聚为一类.靶基因预测分析共获得263个靶基因,对获得的靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析,发现靶基因主要富集到蛋白质泛素化、miRNA介导的翻译抑制和mRNA 3′-非翻译区(3′-UTR)结合等方面.KEGG通路分析发现,靶基因主要富集到丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、转化生长因子β(TGF-β)通路和卵母细胞减数分裂等通路.总之,鸡let-7b在组织中广泛表达,物种间较为保守;结合靶基因富集分析结果,推测let-7b可能通过靶向MAPK和TGF-β等信号通路参与调控鸡肌肉生长及细胞增殖分化.