UPGMA树的不惟一性问题及其解决方法

• 作者: 徐立业 李玉(钅监)
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 二叉树 多叉树 系统发育分析 距离法 惟一性
• 年，卷（期）: 2007,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 160-162
• 页数: 3页
• 分类号: Q349
• 字数: 2678字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2007.04.006

摘要

对于一组给定的DNA或蛋白质序列,UPGMA算法构建的二叉进化树可能是不惟一的,其具体拓扑结构与序列输入顺序相关,这一现象通常被称为"tied trees".提出了UPGMA的一种改进算法--不加权算术平均组群方法(UMGMA),用以解决UPGMA树的不惟一问题.在UPGMA树惟一时,该方法产生的进化树与UPGMA树相同;而在UPGMA树不惟一时,该方法可以产生一棵惟一的、与序列输入顺序无关的多叉进化树,而且该算法还具有一个可调的容差参数,来控制生成进化树的主要分枝结构,这对于突出大规模进化树的总体脉络具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐立业	北京工业大学计算机学院	2	17	2.0	2.0
2	李玉(钅监)	北京工业大学计算机学院	1	7	1.0	1.0