猪细小病毒主要非结构蛋白与结构蛋白的密码子偏爱性分析

• 作者: 何颖 姚瑞英 李斌 梁保忠 梁家幸 蒋玉雯 赵武 黄安国
• 来源期刊: 广西农业生物科学
• 学科: 农学
• 关键词: 猪细小病毒 非结构蛋白 结构蛋白 密码子偏爱性
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术专栏
• 页码范围: 299-303,314
• 页数: 6页
• 分类号: S852.659.2
• 字数: 3395字
• 语种: 中文

摘要

通过分析猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)主要非结构蛋白(non-structural protein,NS1)及结构蛋白(VP1、VP2)的密码子偏爱性,为三种蛋白基因表达中宿主系统的选择提供参考.运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS(Codon Heterozygosity in a Protein Coding Sequence)和CUSP( Create a codon usage table)程序对PPV的NS1 、VP1和VP2蛋白基因进行分析,并将分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示,PPV的NS1、VP1、VP2基因的Nc(Effective number of codons)值分别为39.696、36.638和36.482,表明三种蛋白存在较明显的密码子偏爱性,并且均偏爱选择第三位核苷酸为A的密码子.PPV三种蛋白与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性也有一定差异,其中与酵母的密码子偏爱性差异最小,其表达系统选择酵母较为合适. a codon usage table)程序对PPV的NS1 、VP1和VP2蛋白基因进行分析,并将分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示,PPV的NS1、VP1、VP2基因的Nc(Effective number of codons)值分别为39.696、36.638和36.482,表明三种蛋白存在较明显的密码子偏爱性,并且均偏爱选择第三位核苷酸为A的密码子.PPV三种蛋白与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性也有一定差异,其中与酵母的密码子偏爱性差异最小,其表达系统选择酵母较为合适.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李斌	广西兽医研究所病毒研究室	22	113	6.0	9.0
2	赵武	广西兽医研究所病毒研究室	55	222	9.0	12.0
3	梁家幸	广西兽医研究所病毒研究室	25	120	6.0	9.0
4	梁保忠	广西兽医研究所病毒研究室	24	128	7.0	10.0
5	姚瑞英	广西兽医研究所病毒研究室	28	224	9.0	14.0
6	黄安国	广西兽医研究所病毒研究室	28	224	9.0	14.0
7	何颖	广西兽医研究所病毒研究室	19	116	6.0	10.0