大叶藻EST-SSR标记开发及其在大叶藻群体遗传多样性研究中的应用

• 作者: 刘坤 刘福利 孙修涛 梁洲瑞 汪文俊 王飞久 马兴宇
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 大叶藻 EST SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 91-97
• 页数: 7页
• 分类号: Q948.8
• 字数: 4192字
• 语种: 中文

摘要

本研究从NCBI的EST数据库中下载大叶藻EST序列共计10 659条,从中得到SSR位点共65个,SSR发生频率为1.7％,平均分布距离为21.7 kb.其中三核苷酸为优势重复类型,占49.2％,二核苷酸数量仅次于三核苷酸,占33.8％.基于65条含有SSR的EST序列,设计并合成了30对引物,其中26对引物的扩增产物单一,片段大小与预测的相近或较大.在由16个大叶藻个体组成的群体中,其中8对引物的扩增条带具有多态性.利用这8对引物对青岛汇泉湾大叶藻自然群体进行了遗传多样性分析,结果表明,8个SSR共检测出33个等位基因,平均每个SSR能检测出4.1个等位基因,多个遗传多样性参数表明,青岛汇泉湾大叶藻群体具有较高的遗传多样性(Ho=0.5382;He=0.577 6;I=0.560 7).本研究开发的EST-SSR标记,可进一步丰富大叶藻SSR标记信息,为大叶藻分子生态和群体遗传研究提供更多的标记选择.