菊花EST-SSR分析及标记开发

• 作者: 万志兵 闫莹莹 陈燕 陈黎
• 来源期刊: 西南林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 表达序列标签 简单重复序列 微卫星变异 菊花
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 39-44
• 页数: 6页
• 分类号: S718.46
• 字数: 5407字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1914.2013.01.007

摘要

为了开发菊花的分子标记,对7 087条菊花EST进行拼接,得到275个contigs,发现50个SSR位点；在拼接的contigs中SSR平均密度为每2 854.3 bp含有1个SSR.三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的50.00％；在二碱基重复中,最主要的优势重复基元是AC和AG;三碱基中CAT和CCA为优势重复基元；四碱基、五碱基重复类型中,(TTTN)n和(ATTTN)n重复基元为对应优势基元；这些优势重复基元中富含碱基A和T,菊花EST序列中高度变异的微卫星(长度＞20 bp)约占2.00％.根据得到的菊花EST-SSR,共设计出428对引物,并选取了28对SSR引物对黄山贡菊基因组DNA进行PCR扩增,其中有27对引物扩增成功.