ILLUMINAGolden Gate DNA甲基化芯片的KL-FCM聚类分析

• 作者: 万苏磊 张林 李琪 汪菲 王雪松 石玥
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 模糊C均值 ILLUMINA DNA甲基化芯片 K-L距离
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 106-109
• 页数: 4页
• 分类号: TP181
• 字数: 3513字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.02.05

摘要

DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，其甲基化水平被发现与疾病的发生发展密切相关，对其进行聚类分析有希望发现新的疾病亚型并建立有效的疾病预测预后方法。传统的聚类分析方法之一模糊C-均值（ FCM：Fuzzy C-means）适用于特征空间呈球形或椭球形分布的场景，缺乏普适性。而Illumina Golden Gate平台通过计算基因的各甲基化位点的甲基化百分比描述其甲基化程度，其值位于（0，1）之间，服从混合贝塔分布，不能直接采用FCM进行聚类分析。鉴于此，本文提出基于KL特征测度的KL-FCM聚类算法，采用各样本间的K-L距离作为样本划分时的度量准则。最后，本文基于KL-FCM算法实现IRIS测试数据集和基因的DNA甲基化水平数据的聚类分析。实验结果表明该方法可以以更低的计算负荷获得优于k-均值（ k-means）和传统FCM的分类效果。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王雪松	中国矿业大学信息与电气工程学院	71	677	13.0	22.0
2	张林	中国矿业大学信息与电气工程学院	23	141	6.0	11.0
3	石玥	中国矿业大学信息与电气工程学院	1	0	0.0	0.0
4	汪菲	中国矿业大学信息与电气工程学院	1	0	0.0	0.0
5	李琪	中国矿业大学信息与电气工程学院	1	0	0.0	0.0
6	万苏磊	中国矿业大学信息与电气工程学院	1	0	0.0	0.0