邻域种子的启发式454序列聚类方法?

• 作者: 张绍武 潘泉 程咏梅 陈伟
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 二代测序技术 操作分类单元 物种多样性 16S rRNA基因 序列聚类
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 模式识别与人工智能
• 页码范围: 929-938
• 页数: 10页
• 分类号: TP181
• 字数: 6174字
• 语种: 中文

摘要

随着二代测序技术的发展,产生了海量16S rRNA基因序列数据。如何有效地挖掘这些数据中隐藏的基因组学信息,是当前研究的热点与难点。序列聚类研究如何将来源于同一物种的序列合并在一起,其构成了物种多样性、结构及功能多样性研究的基础。针对454测序误差的来源特点,提出一种基于邻域种子序列的启发式序列聚类算法(NbHClust)。实验结果表明,该算法具有良好的鲁棒性能。与传统启发式序列聚类算法相比,该算法能够降低操作分类单元(operational taxonomy unit,简称OTU)过估计问题,提高聚类精度,有效地进行操作分类单元计算。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘泉	西北工业大学自动化学院	544	9437	45.0	77.0
2	程咏梅	西北工业大学自动化学院	266	3802	27.0	51.0
3	张绍武	西北工业大学自动化学院	66	809	14.0	26.0