松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析

• 作者: 孔凡明 尹佟明 徐进 李淑娴 王小龙 陈赢男
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 表达序列标签 序列组装 微卫星 松属
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 47-51
• 页数: 5页
• 分类号: Q78
• 字数: 865字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.02.010

摘要

从GenBank下载453892条松属EST序列，序列组装后得到20886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2678个微卫星，其中3碱基重复微卫星占的比例最高，为59?2％，而其他重复长度的微卫星都相对较低，比例分别为：2碱基重复微卫星占12．0％，4碱基重复微卫星占13．3％，5碱基重复微卫星占15．5％。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小，松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示，设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72．9％。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物，对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析，结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71．0％以上，而在黄杉属树种中的通用性只有25．2％。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究，结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化，微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控，以及生长素转运蛋白等生物学过程。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐进	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	24	227	10.0	14.0
2	尹佟明		41	1008	16.0	31.0
3	李淑娴	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	51	641	14.0	23.0
4	陈赢男	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	15	104	7.0	10.0
5	王小龙	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	3	29	2.0	3.0
6	孔凡明	南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室	1	6	1.0	1.0