基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

• 作者: 丁燏 吴灶和 王忠良 王蓓 简纪常 许尤厚 陈刚 鲁义善
• 来源期刊: 海洋与湖沼
• 学科: 生物学
• 关键词: 马氏珠母贝 简单重复序列 转录组 分子标记
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 页码范围: 687-693
• 分类号: Q789
• 语种: 中文
• DOI: 10.11693/hyhz20141200361

摘要

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性.结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34％,平均每5102 bp含有1个SSR位点.在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46％;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27％.基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物.随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5％;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42％.以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义.