基于局部结构交互的RNA假结预测

• 作者: 刘元宁 张浩 李誌 段云娜 田明尧 艾露露
• 来源期刊: 吉林大学学报（工学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 计算机应用 RNA二级结构 假结 最小自由能 交互配对
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 页码范围: 613-618
• 页数: 6页
• 分类号: TP399
• 字数: 4428字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13229/j.cnki.jdxbgxb201502041

摘要

基于RNA局部结构间的交互作用,提出一种含假结的RNA二级结构预测新方法LI-Fold.对给定的RNA序列,首先通过能量计算得到不含假结的能量最优结构,然后应用局部结构交互配对生成假结茎区,在已得到的最优结构基础上构建含假结的能量计算模型,最后通过优化算法得到含假结的RNA二级结构.应用该方法基于HotKnots测试数据的敏感性和阳性预测值(PPV)分别达到84％和80％,基于PseudoBase数据库测试数据的敏感性和阳性预测值分别达到78％和73％,与HotKnots、ILM、PknotsRG、IPknot及FlexStem等知名软件相比较,准确率均有所提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田明尧	军事医学科学院军事兽医研究所	5	20	3.0	4.0
2	刘元宁	吉林大学计算机科学与技术学院	39	150	7.0	9.0
6	李誌	长春理工大学应用技术学院	5	3	1.0	1.0
7	段云娜	吉林大学计算机科学与技术学院	2	2	1.0	1.0
11	艾露露	吉林大学计算机科学与技术学院	1	1	1.0	1.0