翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

• 作者: 张茂友 李文龙 王荣泉 袁文成 路瑶 黄鹤忠
• 来源期刊: 海洋与湖沼
• 学科: 农学
• 关键词: 翘嘴鳜 转录组 EST-SSR信息 多态性
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 页码范围: 403-409
• 分类号: S941
• 语种: 中文
• DOI: 10.11693/hyhz20140900248

摘要

本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记.结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51％.翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10-25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62％和14.23％,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12％和6.36％.随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7％表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄鹤忠	苏州大学基础医学与生物科学学院苏州大学水产研究所	36	503	12.0	22.0
3	张茂友		16	29	2.0	4.0
4	袁文成	苏州大学基础医学与生物科学学院苏州大学水产研究所	2	24	2.0	2.0
7	李文龙	苏州大学基础医学与生物科学学院苏州大学水产研究所	2	24	2.0	2.0
8	路瑶	苏州大学基础医学与生物科学学院苏州大学水产研究所	2	24	2.0	2.0