应用生物信息学预测牛新microRNA及验证

• 作者: 孙东晓 崔晓钢 张勤 张胜利 杨少华 谢岩
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛 miRNA 预测 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1317-1324
• 页数: 8页
• 分类号: S823.2
• 字数: 4217字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.08.006

摘要

本研究旨在通过比较基因组学和结构序列分析方法预测牛基因组中的新miRNAs并进行试验验证.根据miRNA分子序列具有一定保守性,将人、小鼠、绵羊、猪和狗5种哺乳动物已知的miRNA分子与NCBI中牛的全基因组序列(UMD3.1)对比,获得牛miRN As;随机选取部分预测的miRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证.结果,基于物种间序列同源比对共计预测到44条新的牛miRNAs,选取其中4条miRNAs,通过qRT-PCR方法,发现他们在泌乳期中国荷斯坦牛乳腺、心、子宫和肝组织中均有表达.结果表明,基于比较基因组学和生物信息学预测新的miRNA分子可行,为奶牛基因表达调控及其性状形成机制研究提供了前期基础.