hsa-miR-138的生物信息学分析及分子调控通路预测

• 作者: 于萌 孙丹 朱育焱 郑明星 高营
• 来源期刊: 中国医科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: hsa-miR-138 生物信息学 靶基因 信号通路
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 481-486
• 页数: 6页
• 分类号: Q7
• 字数: 3140字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12007/j.issn.0258-4646.2016.06.001

摘要

目的 对hsa-miR-138进行靶基因、功能富集分析(GO分析)、信号通路富集分析及转录因子预测等生物信息学分析,为后续深入研究hsa-miR-138功能提供实验验证的理论基础.方法 通过UCSC基因组浏览器、TargetScan、starbase、DAVID及KEGG公共数据库、Chipbase等在线工具分析hsa-miR-138序列,预测hsa-miR-138-1的靶基因,对预测的靶基因进行GO分析和信号通路富集分析,预测hsa-miR-138的可能转录调控因子.结果 hsa-miR-138序列在各物种间具有高度保守性.通过对目前文献的检索,发现hsa-miR-138-1的靶基因中既有抑癌基因,也有癌基因.GO分析发现hsa-miR-138-1靶基因主要富集在转录调控、转录、RNA代谢过程的调节、基因表达、生物大分子的合成等方面(P＜0.01),KEGG通路分析提示相关信号通路主要涉及癌症通路、轴突导向、细胞内噬作用、Wnt信号转导、神经营养因子信号转导等重要生理病理过程.应用Chipbase预测出hsa-miR-138的19个调控转录因子.结论 hsa-miR-138可能参与多种重要的生物学过程,并作为双向调节因子调控肿瘤的生物学行为.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙丹	中国医科大学附属第一医院泌尿外科	17	49	5.0	5.0
2	于萌	中国医科大学实验动物部	9	22	3.0	4.0
3	朱育焱	中国医科大学附属第一医院泌尿外科	12	25	3.0	4.0
4	郑明星	中国医科大学附属第一医院泌尿外科	1	2	1.0	1.0
5	高营	中国医科大学附属第一医院泌尿外科	1	2	1.0	1.0