三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析

• 作者: 向晖 张琳 李泽 林青 谭晓风 贾宝光 龙洪旭
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 关键词: 三年桐 EST-SSR标记 多态性信息含量 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传资源
• 页码范围: 625-636
• 语种: 中文
• DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.04.006

摘要

以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建cDNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点.其中,二核苷酸重复类型为主导(68.39％),其次是三核苷酸重复类型(25.94％),其优势基元为AG/CT(43.87％)、AT/AT(19.34％)和AGC/GCT(5.66％).针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因(Na),平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度(He)变幅为0.08 ～0.63,平均值为0.33,多态性信息含量(PIC)变幅为0.08～0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性.三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604～0.9986,遗传距离变幅为0.0022～0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近.对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构.