肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选

• 作者: 尧晨光 朱祥 胡康洪
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒71型(EV71) 加权基因共表达网络分析 GO分析 枢纽基因 感染关联模块
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 242-248
• 页数: 7页
• 分类号: R373.2
• 字数: 4101字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.201705002

摘要

肠道病毒71型(enterovirus 71)是引起婴幼儿手足口病的重要病原体,目前尚无特效抗病毒药物,并且宿主对病毒感染的应答研究有限.为深入研究病毒感染后宿主调控机制,分析了EV71感染RD细胞的基因表达芯片数据,筛选到与感染时间相关的6642个差异基因;同时使用加权基因共表达网络分析方法(WGCNA)构建基因调控网络,得到和病毒感染时间呈强正负关联的pink模块和darkgreen模块.结果表明:GO分析发现目标模块分别富集于前剪切体的反式组装与翻译起始,KEGG Pathway富集分析发现pink模块没有显著的通路富集,darkgreen模块通路富集于核糖体相关通路;Visant展示目标模块的调控网络并筛选出pink模块枢纽基因RPS4X、HSPA13、CXCL9、CD55与darkgreen模块枢纽基因ABLIM1、MPDU1、SUPT7L、CTSS.qPCR验证的3个持续上调的基因TXNIP、EGR1、c-FOS和8个枢纽基因的转录水平与芯片数据一致,其中TXNIP、EGR1、c-FOS表达上调超过2.5倍,CXCL9下调4.5倍.这些关键基因的发现可能为EV71感染机理的研究和药物研发提供参考.