利用单细胞PCR技术高效筛选鉴定CRISPR/Cas9介导的lncRNA敲除克隆细胞株

• 作者: 任思蕊 佟静媛 冯甜甜 刘金花 周家喜 张玲玲 王冰蕊 王卉 石莉红 苏培 高洁
• 来源期刊: 中国细胞生物学学报
• 关键词: CRISPR/Cas9 lncRNA 单细胞PCR
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 463-471
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11844/cjcb.2017.04.0336

摘要

CRISPR/Cas9技术可简便、快捷、高效地实现基因的敲除.敲除长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)时需同时引入1对guide RNA,将lncRNA基因组的全部或者大部分片段敲除,以实现目的基因功能的缺失.现有鉴定lncRNA敲除细胞株所用的方法一般需单细胞增殖至较多数量,敲除效率较低且筛选耗时耗力.LncRNA DANCR(differentiation antagonizing non-protein coding RNA)在干祖细胞的干性维持过程中起重要作用,且与多种癌症的发生有关,但其作用机制仍未完全明确.作者针对DANCR基因组的3'及5'端设计sgRNA并同时转染到人红白血病细胞系(K562)中.为建立一种高效筛选鉴定lncRNA敲除细胞株的方法,他们先后采用了基因组DNAPCR、少量细胞PCR、单细胞PCR这3种方法来鉴定lncRNA DANCR的敲除情况,系统比较了3种检测方法的优缺点.该文成功建立了利用单细胞PCR支术高效筛选鉴定CRISPR/Cas9介导的lncRNA敲除克隆细胞株的方法.这一方法适用于其他lncRNA敲除情况的鉴定,有助于lncRNA的功能及机制研究.