云芝全基因组SSR位点分布及比较分析

• 作者: 宁露 张延召 徐海根 曹云 沈文静 程抒劼
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1524-1542
• 页数: 19页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.170076

摘要

本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较.结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁.其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁.通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中.设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种.与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关.本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐海根	环境保护部南京环境科学研究所国家环境保护生物安全重点实验室	37	548	13.0	22.0
2	沈文静	环境保护部南京环境科学研究所国家环境保护生物安全重点实验室	10	46	4.0	6.0
3	曹云	南京大学生命科学学院	2	8	2.0	2.0
7	张延召	洛阳师范学院生命科学学院	10	4	1.0	2.0
8	程抒劼	中国药科大学工学院	9	15	3.0	3.0
9	宁露	中国药科大学工学院	1	4	1.0	1.0