榆树转录组EST-SSR引物开发及遗传多样性分析

• 作者: 左力辉 张双 杨敏生 梁海永 王进茂
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 关键词: 榆科 转录组 EST-SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 基因挖掘
• 页码范围: 157-166
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2018.01.018

摘要

目前榆树已有的分子标记资源匮乏,无法满足榆树种质资源评价及分子标记辅助育种等相关研究需要.本研究对白榆叶片转录组数据进行EST-SSR标记的检测和开发,检测引物在不同榆树资源中的可用性,并对不同榆树资源的多样性进行分析.本研究共检测到8828个精确型和569个复合型SSR位点,SSR序列长度主要以10～ 22 bp的短序列为主.SSR重复单元比例最大的为A/T(3330,40.18％),其次为AG/CT(1211,14.61％)和AAG/CTT(568,6.85％).随机挑选90对EST-SSR引物进行验证,有效扩增率为51.11％(46对),其中有63.04％的引物(29对)为高多态性引物,多态性信息含量PIC在0.054 ～0.683间变化,极大地丰富了榆树的SSR引物资源.聚类分析表明,绝大部分榆树无性系均按其起源聚类,从侧面也证明了本研究开发的EST-SSR引物的有效性.本研究开发的SSR引物可将绝大部分榆树资源进行区分,与传统分类学相吻合,为榆科植物的分类提供了分子依据.