基于SLAF-seq技术的乔木柳SNP位点开发

• 作者: 张健 李敏 李玉娟 王莹 谈峰 郭聪
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 乔木柳 SLAF-seq技术 SNP位点
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 891-895
• 页数: 5页
• 分类号: S793.5
• 字数: 3468字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2018.5.003

摘要

[研究意义]采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义.[方法]本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序.选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因组作为参考基因组,通过电子酶切预测,最终选择Hae Ⅲ和Hpy166 Ⅱ两种酶进行酶切试验,长度在314 ～364 bp之间的酶切片段序列定义为SLAF标签,预测可得SLAF标签126008个,位于重复序列区的SLAF标签比例为1.60％.为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率,以水稻的测序数据为对照,通过SOAP软件比对水稻基因组(大小为382M)的测序reads与三角叶杨的基因组.[结果]通过研究得到双端比对效率为96.67％,酶切效率为92.06％,SLAF建库正常.采用本次研究中开发得到的SLAF标签277 333个,按照等位基因数和基因序列之间的差异,共获得99 526个多态性SLAF标签,比例达到35.89％.按照遗传学通用等位编码规则,成功编码了58 763个多态性SLAF标签.为构建遗传图谱进一步对SLAF标签进行过滤,最终获得6744个SLAF标签,进一步进行SNP位点的开发,在各连锁群上共开发得到9488个SNP位点.[结论]SLAF-seq技术可以很好地应用于乔木柳SNP位点的开发,可利用所开发的SNP标记,联系群体中不同个体的表型,关联定位与某性状紧密连锁的分子标记,进而可以实现优良基因的精细定位.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李敏		26	95	5.0	9.0
2	李玉娟		27	118	5.0	10.0
3	王莹		21	38	3.0	4.0
4	张健		22	118	5.0	10.0
5	谈峰		21	48	4.0	6.0
6	郭聪		12	6	2.0	2.0