食源性致病菌核糖体RNA高效去除体系的建立

• 作者: 曹林 黄佳莹
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: 食源性致病菌 核糖体RNA(rRNA) 文库构建 转录组
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 食品与工程
• 页码范围: 358-364
• 页数: 7页
• 分类号: TS207.4
• 字数: 5639字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201804049

摘要

[目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题.[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交,在RNase H和DNase Ⅰ的作用下去除rRNA.以大肠杆菌O157∶H7 Sakai、单增李斯特菌EGD-e、肠道沙门氏菌CT18以及铜绿假单胞菌PAO1这4株菌的总RNA为模板,分别使用本研究设计的rRNA去除探针以及建立的rRNA去除体系与Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Bacteria)进行rRNA去除,随后用相同方法进行转录组文库构建,并使用Illumina HiSeq X测序平台进行相同数据量的测序,最后通过生物信息分析比较rRNA去除效果.[结果]共设计rRNA去除探针541条.当总RNA使用量范围为1～5峭,探针使用量为100 pmol,RNase H使用量为2U,DNase Ⅰ保持过量为10 U时,rRNA去除体系的性能达到最优,去除效率达95％以上.使用本研究构建的rRNA去除体系时,4株食源性致病菌残留rRNA平均占总数据量的1.67％,而相同条件下试剂盒残留的rRNA平均占7.61％.此外,本体系对食源性致病菌低表达丰度基因的检出数目是试剂盒的1.90倍.[结论]该体系可以有效去除9种常见食源性致病菌的核糖体RNA,同时也大大降低了试验成本.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曹林	南京农业大学食品科学技术学院	7	14	2.0	3.0
2	黄佳莹	南京农业大学食品科学技术学院	1	0	0.0	0.0